Fritz Bauer wurde am 16. Juli 1903 als Kind einer deutsch-jüdischen Familie in Stuttgart geboren.

Er studierte Rechtswissenschaft und Volkswirtschaft in München und Tübingen und promovierte 1927 in Heidelberg. Ab 1930 war er am Stuttgarter Amtsgericht der jüngste Hilfsrichter in Deutschland.

1933 musste Fritz Bauer sein Amt als Richter niederlegen und wurde für einige Monate im KZ Heuberg inhaftiert.

1936 emigrierte Bauer nach Dänemark, wo er nach der deutschen Besetzung verhaftet wurde, aber dank Interventionen dänischer Freunde wieder frei kam. Im Oktober 1943, als die Deportation der dänischen Juden begann, gelang Fritz Bauer mit seiner Familie, wie auch 7.000 anderen Juden, mit dänischer Hilfe die Flucht nach Schweden.

Nach der Befreiung kehrte Fritz Bauer 1945 nach Dänemark zurück und lebte bis 1949 in Kopenhagen.

1949 remigrierte er mit Unterstützung Kurt Schumachers nach Deutschland. Ein Jahr später wurde er zum Generalstaatsanwalt am Oberlandesgericht in Braunschweig ernannt.

1956 wurde Fritz Bauer hessischer Generalstaatsanwalt in Frankfurt am Main. Er war einer der bedeutendsten Vorkämpfer für Strafrechts- und Strafvollzugsreformen, für Resozialisierung und für eine gesellschaftliche Verantwortung des Justizwesens beim Wiederaufbau einer demokratischen Gesellschaft.

Fritz Bauer gab dem israelischen Auslandsgeheimdienst Mossad den entscheidenden Hinweises auf den Aufenthaltsort von Adolf Eichmann. Bauer hatte befürchtet, die deutsche Justiz könnte sich vor einem Auslieferungsverfahren drücken, oder Eichmann würde durch mit ihm sympatisierende Mitarbeiter der Justitzbehörden gewarnt werden. Deshalb wandte sich Bauer unter Umgehung des Dienstweges direkt an die israelischen Behörden. Aufgrund des Hinweises konnte Eichmann 1960 in Argentinien gefasst und nach Israel gebracht werden. Damit hatte Bauer wesentlichen Anteil am Zustandekommen des 1961 in Jerusalem durchgeführten Eichmann-Prozess.

Als hessischer Generalstaatsanwalt war er unterdessen verantwortlich für die Anklageerhebung im Auschwitz-Prozess, der 1963 bis 1965 in Frankfurt am Main stattfand. Mit diesem Prozess gewann die Auseinandersetzung mit dem Holocaust in Deutschland erstmals eine öffentliche Dimension.

1965 eröffnete Fritz Bauer die Voruntersuchung für einen weiteren Prozess, der sich gegen die Teilnehmer einer reichsweiten Justizkonferenz von 1941, die juristischen Erfüllungsgehilfen der "Euthanasie"-Morde, richten sollte. Bauer plante damit einen exemplarischen Prozess gegen die in die Verbrechen verstrickte NS-Justiz.

Am 1. Juli 1968 starb Fritz Bauer in seiner Wohnung in Frankfurt am Main.

Der noch in der Vorbereitungsphase stehende große Prozess gegen die Schreibtischtäter der "Euthanasie" fand nie statt.