Morgenstern wurde als Sonntagskind am 6. Mai 1871 in München geboren. Seine Mutter Charlotte Morgenstern, geborene Schertel, und sein Vater Carl Ernst Morgenstern. Beide Elternteile waren Landschaftsmaler wie der berühmte Großvater, von dem Morgenstern seinen Namen erhielt.
1892 beginnt Morgenstern ein Jurastudium an der Breslauer Universität, das er aber bald wieder abbricht. Während dieser Zeit publiziert er mit Freunden die kulturkritische Zeitschrift "Deutscher Geist".
1894 übersiedelt er nach Berlin. Von hier aus schreibt er regelmäßig Kulturberichte und Literaturkritiken für die Zeitschriften "Neue Deutsche Rundschau" und "Der Kunstwart".
Zwischen 1894 und 1899 veröffentlicht Morgenstern Beiträge und Glosse in Kulturzeitschriften wie "Jugend", "Freie Bühne" oder "Die Gesellschaft".
Nur etwa die Hälfte seines Werkes war zu Lebzeiten Morgensterns veröffentlicht worden. Vieles wurde erst nach seinem Tod durch seine Witwe veröffentlicht, die zahlreiche seiner Werke herausgab, teilweise neu ordnete und mit bis dahin unveröffentlichen Teilen des Nachlasses ergänzte.
Trotz der Fülle seines Werkes ist er einem größeren Leserkreis aber praktisch nur mit seiner komischen Lyrik bekannt und beliebt.
Zu Morgensterns Lebzeiten erschienen die Werke:

• In Phanta’s Schloß. Ein Cyklus humoristischer-phantastischer Dichtungen. Taendler, Berlin 1895
• Auf vielen Wegen. Gedichte. Schuster & Loeffler, Berlin 1897
• Horatius Travestitus. Ein Studentenscherz. Schuster & Loeffler, Berlin 1897
• Ich und die Welt. Gedichte. Schuster & Loeffler, Berlin 1898
• Ein Sommer. Verse. S. Fischer, Berlin 1900
• Und aber ründet sich ein Kranz. S. Fischer, Berlin 1902
• Galgenlieder (mit Umschlagzeichnung von Karl Walser). Bruno Cassirer, Berlin 1905
• Melancholie. Neue Gedichte. Bruno Cassirer, Berlin 1906
• Osterbuch (Einbandtitel: ‚Hasenbuch‘). Kinderverse mit 16 Bildtafeln v. K. F. von Freyhold. Bruno Cassirer, Berlin 1908
• Palmström (mit Umschlagzeichnung von Karl Walser). Bruno Cassirer, Berlin 1910
• Einkehr. Gedichte. Piper, München 1910
• Ein Butterbrotpapier im Wald 1910
• Ich und Du. Sonette, Ritornelle, Lieder. Piper, München 1911
• Wir fanden einen Pfad. Neue Gedichte. Piper, München 1914

Zwischen 1916 und 1921 erschienen postum im Verlag Cassirer die Gedichtsammlungen "Palma Kunkel" (1916), "Der Gingganz" (1919) und der satirische Eigenkommentar "Über die Galgenlieder" (1921).